在保护地蔬菜生产过程中，由于连年超量施肥，一些没被蔬菜吸收的肥料中的残余成分，就会残存在土壤中，越积越多，对土质造成破坏，引起土壤的盐化、酸化，导致土壤板结，通透性减弱，容易引发蔬菜的多种病害。在蔬菜生产过程中，通过增施微生物菌肥，减少化肥的施用量，可以明显地起到改良土壤，降低生产成本，提高蔬菜品质的作用。
这是因为微生物菌肥在施用过程中，可以起到活化土壤，分解被土壤固定的养分，从而提高肥料的吸收利用率，同时微生物菌肥中的微生物，在生长和繁殖过程中，可以产生植物生长素，刺激作物生长，从而改善蔬菜的品质；其次微生物在生长繁殖过程中，还能抑制多种土传病害的发生和发展，对根结线虫病也具有很强的抑制作用，微生物菌肥是一种、经济、环保的新型肥料，很值得在保护地蔬菜生产中加以推广应用。在合理施用微生物菌肥时应注意以下几点：
1、选择证件齐全含菌量高的产品。
2、微生物肥料本身养分含量低，必须与其他肥料搭配施用。在施用微生物肥料时，由于微生物肥料中的微生物具有固氮、解磷、解钾、抑菌、活化土壤、提高养分利用率的作用，因此施用这类肥料后，可以适当减少化肥的施用量。
3、微生物肥料中的微生物需要在含水适宜的土壤中才能生长和繁殖，因此土壤湿度不能过干过湿。
4、微生物肥料不能和杀菌剂同时使用。
5、微生物肥料不论是做基肥，还是追肥，都不能暴露在土壤表面。由于阳光照射，使微生物的活性下降。
6、注意生产日期，放置时间过长的微生物肥料中的微生物的活性下降。
7、冬春季保护地中的地温低，低温微生物的生长繁殖变慢、活性下降。应提高地温，用秸秆覆盖，有利于提高地温，增强微生物活性的作用。