微生物肥料是蔬菜生产的重要产品。只要避开了以上误区，做好以下几点，微生物肥料的效果就能够轻松发挥出来。
1.首先，增加微生物肥料投入，土壤有益微生物的数量
在目前的蔬菜栽培模式下，土壤有益微生物的数量会越来越少，只有通过投入优质的菌肥产品才能土壤有益微生物的数量。市场上的菌肥产品有很多种，功能也较多。通过底施、穴施、蘸盘、冲施等不同的施用方式，在蔬菜生长过程中全程使用可土壤微生物的数量优势，不仅能促进植株健壮，同时可土壤处于健康状态。
2.其次，注意土壤环境，创造微生物肥料入土后良好的生存环境
土壤有益微生物的生存和繁殖需要良好的土壤环境，因此在农业操作中要注意创造有利于土壤微生物生存的土壤条件。土壤的酸碱度不能有较大变化，中性土壤更利于土壤微生物的生存。
菌肥使用时要避开高温强光。菌肥使用后注意补水，生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。菌肥使用后禁止立刻使用杀菌剂。
3.再次，微生物肥料在与其他类型肥料混施，促进肥效全面提升
（1）有机肥与微生物肥料的配合使用。
一般来说，粪肥在使用时需要通过生，物菌进行发酵腐熟，使用到蔬菜上的时候才能足够的。
（2）甲壳素与微生物肥料的配合使用。
微生物肥料中含有的固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌、乳酸菌、光合细菌等。尤其是放线菌，可以产生多种，抑制致病菌的生长繁殖。甲壳素有利于土壤中的自生固氮细菌、乳酸细菌放线菌的生长，而对于霉菌和其它丝状真菌有明显的抑制作用。在解决死棵等土传病害问题上，甲壳素配合生物菌可起到良好的效果。
（3）化学肥料和微生物肥料的配合使用。
一方面可以利用生物菌达到活化土壤、调节植株生长、促进土壤中养分的吸收的作用，降低矿质养分在土壤中的残留；另一方面化学肥料可以满足生物菌在调节和促进植株生长过程中对于矿质元素的需求。现在，市场上出现了许多含有生物菌的水溶肥产品，这类产品的出现满足了蔬菜对于矿质养分和生物菌的需求。